T-Zellen als weiterer grundlegender Bestandteil der Immunabwehr können insbesondere bei T-Zell kontrollierten Erregern einen vollständigen Immunstatus aufzeigen. Im humanen Bereich ist in den letzten Jahren diese Art der Diagnostik für bestimmte  Erkrankungen der Goldstandard geworden. Neben Borrelien können auch andere Erreger  zeckenübertragener Krankheiten wie Rickettsien, Ehrlichien oder Babesien diagnostiziert werden, aber auch lebensbedrohende Erkrankungen wie die Tuberkulose. Desweiteren sind intrazelluläre Erreger wie Mycoplasma und Bartonellen oder auch Pilze (Aspergillus) mit dem EliSpot nachzuweisen. Immunreaktionen gegen Yersinien als bekannte Verursacher chronischer Gelenksentzündungen sind ebenfalls im EliSpot nachzuweisen.